Trong cuộc chiến ở Việt Nam, Lào giữ một vai trò cực kỳ quan trọng do phần lớn tuyến đường mòn Hồ Chí Minh nằm trên lãnh thổ Lào. Tuy nhiên, do Lào là nước trung lập nên Mỹ không thể công khai triển khai quân đội hay tiến hành oanh tạc chỉ có thể tiến hành cuộc chiến bí mật ở Lào
Năm 1954, sau khi Pháp thất bại ở Điện Biên Phủ và ký hiệp định Genava chấm dứt cuộc chiến Đông Dương lần thứ Nhất. Lào được duy trì vị thế trung lập. Hiệp định cũng quy định không có bất kỳ lực lượng nước ngoài nào được can thiệp vào Lào bao gồm Mỹ, Việt Nam, Nga và Trung Quốc
Do vị trí chiến lược của Lào, từ năm 1955, Mỹ đã cố gắng can thiệp vào Lào theo đường lối phi quân sự. Mỹ đã tung tiền mua lại tiền Kip của Lào, thiêu hủy các tiền giấy nội địa và khuyến khích dùng tiền Đô La Mỹ theo tỉ giá cực kỳ hấp dẫn. Mỹ cũng bảo trợ và chi tiêu toàn bộ chi phí của quân đội Hoàng Gia Lào. Thời điểm này, Lào là một trong những nước nhận viện trợ lớn nhất của Mỹ. Thông qua dự án Bí Mật 404 (Project 404), Mỹ đã sử dụng các quân nhân về hưu và dưới danh nghĩa là các hoạt động dân sự, các quân nhân này đã bí mật hoạt động trong quân đội Hoàng Gia Lào với vai trò cố vấn quân sự. Cuộc tổng tuyển cử diễn ra, Pathet Lào được quân Bắc Việt hỗ trợ theo đường lối Cộng Sản bị thất bại nên đã mở cuộc tấn công, chiếm giữ phía đông của Lào
Cuộc bầu cử diễn ra, Hoàng thân Souvanna được bầu làm thủ tướng, cố gắng duy trì theo đường hướng trung lập đã thuyết phục Pathet Lào kết hợp vào quân đội Hoàng Gia Lào đồng thời tạo ưu thế cho họ trong cuộc bầu cử sắp đến. Điều này sẽ khiến chính phủ Lào do Mỹ hỗ trợ gặp nhiều bất lợi. Ngoại trưởng Mỹ John Foster Dulles tuyên bố :
“Một chính phủ liên minh là điều không thể chấp nhận dù theo Hiệp Định Geneva hay không”
Trong cuộc bầu cử tiếp theo, Pathet Lào chiếm ưu thế, Mỹ dọa sẽ cắt hết các điều khoản viện trợ do tổng thống Mỹ là Eisenhower cho rằng, nếu không chặn chủ nghĩa Cộng Sản, các quốc gia ở Đông Nam Á sẽ ngã vào Cộng Sản và sẽ sụp đổ như dây chuyền Domino. Do đó, CIA đã bắt đầu can thiệp vào và tiến hành cuộc chiến bí mật ở Lào và CIA bắt đầu xây dựng tướng Poumi Nosovan, đây là người có uy quyền trong quân đội và có thể giải quyết những thế lực chống đối một cách không do dự
Năm 1960, CIA can thiệp vào cuộc bầu cử và tướng Poumi bắt đầu nắm quyền. Cuộc bầu cử được cho là có gian lận và những người thân Mỹ nắm quyền. Lúc này, chính quyền Mỹ và Đại Sứ Quán vẫn ủng hộ Hoàng thân Souvanna nhưng Bộ Quốc Phòng và CIA lại ủng hộ tướng Poumi
Đúng lúc chính phủ Lào rối ren thì đại úy Nhảy Dù Kong Le bất ngờ cùng đơn vị của mình chiếm thủ đô Vientiane. Tướng Poumi phải đào thoát đến Savannakhet ở phía Nam. Đại úy Kong Le tuyên bố ủng hộ Hoàng thân Souvanna quay lại làm Thủ Tướng và mục tiêu của cuộc lật đổ là nhằm chấm dứt nội chiến ở Lào, tiêu diệt tham nhũng và xây dựng Lào thành quốc gia trung lập
Tuy nhiên, bộ đôi Souvanna và Kong Le không được Mỹ tin tưởng và Mỹ bắt đầu can thiệp sâu hơn bằng cách hỗ trợ tài chính và vũ khí cho tướng Poumi và tháng 12 năm 1960, tướng Poumi đã tiến quân vào thủ đô Vientiane, Souvanna và Kong Le đã trốn thoát. Kong Le gia nhập Pathet Lào ở phía Bắc và chiếm Cánh Đồng Chum – Plain of Jars. Quân Bắc Việt gửi nhiều cố vấn và vũ khí đến hỗ trợ cho Kong Le và Pathet Lào. Còn Souvanna đến thị trấn Khang Khay nằm phía Nam của Cánh Đồng Chum
Năm 1961, với chiến dịch bí mật mang tên Momentum – Operation Momentum, CIA tiến hành ném bom vào các tuyến đường tiếp tế của quân Bắc Việt vào miền Nam Việt Nam và khu vực của Pathet Lào. Dần dà, CIA cảm thấy chán nản với tướng Poumi khi ông này không tỏ được khả năng lãnh đạo quân đội. CIA chuyển sang hỗ trợ lực lượng người Hmong còn gọi là người Mèo – Đây là lực lượng du kích phù hợp với cuộc chiến bí mật ở Lào, lực lượng này đặt dưới sự lãnh đạo của tướng Vàng Pao – Vang Pao. Và để hỗ trợ lực lượng này, CIA đã sử dụng đến hãng hàng không Dân sự Air America
Tướng Claire L. Chennault là chỉ huy lực lượng máy bay vận chuyển tiếp tế cho lực lượng kháng Nhật của Trung Quốc. Sau khi thế chiến thứ 2 chấm dứt, lực lượng máy bay này trở thành hãng hàng không Civil Air Transport (CAT) và hỗ trợ lực lượng Tưởng Giới Thạch chống lại Mao Trạch Đông. Năm 1950, CIA đã mua lại hãng máy bay này và đây là lực lượng đã vận chuyển tiếp tế cho binh sĩ Pháp trong trận đánh Điện Biên Phủ
Năm 1959, hãng đổi tên thành Air America và vẫn thực hiện các chuyến bay dân sự ở khu vực Đông Nam Á nhưng đây chỉ là bình phong. Hãng sở hữu hơn 300 phi công của hãng và đa số đều có xuất thân từ quân đội, được đào tạo kỹ lưỡng và có khả năng bay trong mọi điều kiện thời tiết, kể cả khi sương mù và các khu vực đồi núi. Dưới danh nghĩa hãng Hàng Không Dân Sự, CIA đã tiến hành cuộc chiến bí mật ở Lào và các khu vực khác với nhiệm vụ chính là thực hiện các cuộc tiếp tế ở Lào và tiếp tế cho các lực lượng chống Cộng Sản ở Đông Nam Á. Chỉ trong năm 1970, hãng đã vận chuyển gần 23 triệu tấn hàng hóa ở khu vực Lào và Thái Lan bao gồm lương thực, vũ khí, thuốc men và trang thiết bị quân đội nhằm tiếp tế cho lực lượng đang tiến hành cuộc chiến bí mật ở Lào
Năm 1966, tổng thống Lyndon B. Johnson ra lệnh ném bom vùng Bắc Việt Nam. Cuộc chiến bí mật ở Lào cũng tiếp diễn giữa một bên là Pathet Lào cùng Kong Le được quân Bắc Việt, Trung Quốc và Nga hậu thuẫn. Một bên là lực lượng Vàng Pao được CIA hỗ trợ. Chính phủ Lào trở thành bù nhìn. Cả hai phía đều phủ nhận sự hiện diện của mình ở Lào. Mỹ và CIA đã xây dựng trạm Radar ở đỉnh núi Phou Pha Thai. Đỉnh núi này chỉ cách Sam Neua 40km về hướng Tây và cách Hà Nội 200km về hướng Tây Nam và nằm sâu trong vùng kiểm soát của Pathet Lào và quân Bắc Việt và có mật danh là Lima Site 85. Trạm Radar này có nhiệm vụ hướng dẫn không kích cho các máy bay oanh tạc vào vùng lãnh thổ Pathet Lào. Ngày 11 tháng 3 năm 1968, nhằm hỗ trợ trận Khe Sanh, quân Pathet Lào và quân Bắc Việt đã tấn công trạm, giết chết 11 chuyên viên kỹ thuật Mỹ và đây là tổn thất trên bộ lớn nhất của Mỹ ở Lào. Theo tuyên bố của Pathet Lào và quân Bắc Việt, họ chỉ tổn thất 1 binh sĩ. Nhưng sau này, 1 sĩ quan Bắc Việt cưới 1 phóng viên người Úc tiết lộ, trọn trung đội bị trúng bom của B-52 và toàn bộ tử trận
Dịch xuống miền Trung Lào là căn cứ không quân Long Chieng còn gọi là căn cứ không quân Long Tieng, căn cứ nằm lọt thỏm ở thung lũng thường xuyên bị mây mù bao phủ thuộc tỉnh Xaysomboun , đây là nơi nhộn nhịp nhất của Lào thời bấy giờ và là căn cứ của không đoàn máy báy bay ném bom T-28 và cũng là trung tâm CIA ở Lào nhằm điều hành cuộc chiến bí mật ở Lào
Ở đây đã diễn ra một trong những trận đánh lớn nhưng ít được công bố rộng rãi là trận đỉnh Skyline Ridge – The Battle for Skyline Ridge kéo dài từ tháng 12 năm 1971 đến tháng 5 năm 1972 khi 20.000 quân Pathet Lào được sự hỗ trợ của quân Bắc Việt đã tấn công căn cứ được 10.000 binh sĩ người Lào, Hmong, Thái phòng thủ. Mục đích cuộc tấn công nhằm chiếm sân bay và bắt giữ thủ lĩnh người Hmong là tướng Vàng Pao. Cuộc tấn công đã thất bại nhưng cả hai bên đều bị thiệt hại nặng nề
Những năm từ năm 1966 trở đi, Mỹ vẫn tiếp tục cuộc chiến bí mật ở Lào bằng các cuộc không kích do các phi công Mỹ trong đồng phục dân sự lái nhằm yểm trợ tướng Vàng Pao. Cho đến cuối cuộc chiến, khoảng 3 triệu tấn bom đã được thả xuống Lào tập trung ở đường mòn Hồ Chí Minh kèm với khoảng 500.000 tấn ném ở Bắc Lào. Cả hai bên đều đánh nhiều trận dữ dội, tập trung ở phía Cánh Đồng Chum vì đây là khu vực trù phú nhiều lương thực và nhiều dân. Nếu chiếm được có thể giành ưu thế về bổ sung binh sĩ cũng như đảm bảo về nguồn lương thực hậu cần. Vào mùa khô, đường tiếp tế từ Việt Nam sang dồi dào, quân Pathet Lào chiếm đóng Cánh Đồng Chum. Sang mùa mưa, Pathet Lào bị thiếu nguồn bổ sung và đến lượt quân Vàng Pao lại chiếm đóng
Tháng 2 năm 1973, hiệp định Paris được ký kết và quân Mỹ rút khỏi Việt Nam và Lào. Đến năm 1975, Pathet Lào đánh bại tướng Vàng Pao và thống nhất toàn nước Lào. CIA kết thúc cuộc chiến bí mật ở Lào mà không đạt được bất cứ mục tiêu gì
Trong suốt cuộc chiến bí mật ở Lào. Trung bình cứ tám phút có 1 cuộc oanh tạc bằng máy bay, 10% dân số Lào bị chết và 25% phải di tản. Các cuộc giao tranh ở Cánh Đồng Chum khiến dân số từ 150.000 ở khu vực này giảm còn 9.000 và trong tổng số bom ném xuống Lào, có khoảng 1/3 vẫn chưa nổ
